Uno de los principales insumos de la producción de camarón blanco (Penaeus vannamei) es el alimento, que debe aportar suficiente contenido y calidad de proteína para el crecimiento de estos organismos. Las tripsinas son enzimas peptidasas producidas por el hepatopancreas cuya principal función es degradar la proteína del alimento. En cautiverio y en vida silvestre, P. vannamei presenta tres fenotipos proteicos de tripsina de acuerdo a la combinación de las isoformas C, B y A en CBA, CB y CA, que determinan la capacidad de los camarones de asimilar el alimento. Los camarones con fenotipo CBA son los mas competitivos en el proceso de digestión, teniendo índices de supervivencia de hasta 80%, seguido del fenotipo CB con un 20%. En el caso de los camarones con fenotipo CA la ausencia de la isoforma B causa un fenómeno denominado “disrrupción NON-B” que impide la supervivencia de los camarones después de los 5 g de peso.
Este trabajo tuvo por meta determinar y caracterizar las isoformas de los genes de tripsina que se expresan en los fenotipos CB y CBA. Se extrajo RNA total de hepatopáncreas de individuos de cada fenotipo. Para generar los transcriptomas, se realizó una secuenciación de acuerdo al protocolo Truseq stranded mRNA kit y secuenciación de 2x150 pb PE (Illumina). Posteriormente, se realizó un ensamble de novo de las secuencias filtradas por calidad (Q >35), de cada fenotipo, mediante el programa Trinity. La anotación funcional se realizó mediante BLASTX y se buscaron por identidad las secuencias similares a las tripsinas reportadas en el genoma reportado por zhang et al., (2019) y las secuencias Y15039, Y15040, Y15041 (Klein et al., 2016). Se confirmó la presencia de ORF y finalmente se corrieron alineamientos múltiples mediante MEGA para agrupar los contigs e identificar cuales se expresan en cada fenotipo.
El ensamble de novo arrojó 83194 contigs de 1100 pb promedio. Se encontraron 6 secuencias en CBA y 3 en CB, con un alto grado de identidad a tripsinas digestivas (mayor al 95% de homología), todas con el propéptido y dominios catalíticos característicos. Se encontraron 2 contigs con alto grado de identidad a la isoforma B, que además tienen un valor de expresión relativo alto, comparado con las otras isoformas encontradas. Se concluye que los fenotipos CB y CBA expresan más de 3 isoformas cada uno y que la digestión mediada por tripsinas puede ser más compleja a nivel regulación de la expresión de las isoformas de tripsina en hepatopáncreas de camarón blanco.