Durante los últimos años, Chile se ha consolidado como un productor mundial de salmón, al concentrar un tercio de la producción global. Pisciricketsia salmonis es el agente causal de la Pisciricketsiosis, presente en las costas chilenas y principal responsable de las mortalidades y pérdidas económicas por causa infecciosa en la salmonicultura nacional.
Mediante diversos proyectos Inter universidades se logró secuenciar y ensamblar mediante la combinación de sistemas illumina y PacBio cerca de 80 genomas completos del patógeno bacteriano P. salmonis, que incluyo desde la cepa originalmente descrita en 1989 hasta 2021. Esto da cuenta de más de 30 años de evolución y presión selectiva del medio por el alto uso de antibióticos de la salmonicultura en Chile.
Los análisis de genómica comparativa ha mostrado interesantes resultados: Todos los genomas contienen un total de ~3500 genes, ~4 plásmidos por genoma, y se describe un pangenoma de cerca de 6504 genes y un coregenoma de 1767 genes. De estos, 134 genes involucrados en resistencia antibiótica, cerca de 350 genes de virulencia, y todos formando parte del coregenoma, por tanto, están presentes en todos los genomas, aunque las bacterias presentan diferente susceptibilidad antibiótica y diferentes grados de virulencia. Esto se explica porque como parte del proceso evolutivo de la bacteria, actualmente mantiene un tamaño de genoma estable sin ganancia o pérdida de genes del ambiente o de otras bacterias. Si ha sido capaz de generar mutaciones puntuales de un nucleótido en una amplia variedad de genes (SNPs), rearreglos génicos con transposición de genes, consecuencia de un extremadamente alto número de transposasas ( más de 500 por genoma), y reorganización de genes en islas genómicas de diversos tipos, destacando las de virulencia y las “fitness”
En este estudio se ratificó la clasificación en los dos genogrupos, las del tipo LF derivadas de la LF-89 aislada en 1989, y las de tipo EM derivadas de la cepa EM-90, y además se comparó con los genomas de cepas de Noruega y Nueva Zelanda que constituyen un genogrupo diferente a las cepas aisladas en Chile.