El bagre rayado es un pez endémico de la cuenca Magdalena-Cauca (Colombia) que juega un papel crucial en la cadena trófica y en el sustento de más de 1.5 millones de personas que dependen directa e indirectamente de la pesca artesanal. A pesar de su importancia, el bagre rayado es una especie que continúa siendo catalogada en peligro crítico según la Resolución 126 de 2024 del Ministerio de Ambiente y Desarrollo Sostenible, lo que ha estimulado la búsqueda e implementación de estrategias para su conservación y uso sostenible. A la fecha, no existen reportes del ensamblaje del genoma para las 8 especies del género Pseudoplatystoma existentes en Suramérica. La secuenciación y anotación del genoma del bagre rayado busca aprovechar los avances recientes en genómica para ampliar el conocimiento sobre la biología, evolución y ecología de la especie y contribuir a la toma de decisiones informadas por parte de las autoridades ambientales. El objetivo de este estudio fue realizar el primer ensamblaje del genoma del bagre rayado (P. magdaleniatum), utilizando tecnologías de secuenciación de última generación, para proporcionar una base genómica que contribuya al conocimiento y conservación de esta especie. Se realizó la secuenciación de ADN genómico de P. magdaleniatum en dos fases. Inicialmente, se generaron secuencias de reads pareados de 150 bases a una profundidad de 250X utilizando la tecnología Illumina. Posteriormente, se generaron reads largos utilizando el secuenciador portátil MinION de la tecnología Oxford Nanopore, con las nuevas flow cells R10.4.1, que presentan un poro con doble punto de lectura brindando así mayor exactitud. Lamentablemente, esta fase enfrentó desafíos logísticos que deterioraron las flow cells y, por ende, la profundidad de cobertura.
Las más de 250 mil millones de bases secuenciadas por ambas tecnologías, que pasaron el control de calidad, se combinaron usando programas para ensamblaje híbrido, generando el primer borrador del genoma del bagre rayado, el cual también incluye la secuencia completa del genoma mitocondrial. Aunque este ensamblaje fragmentado aún no alcanza el tamaño de entre 0,9 y 1,2 Gb estimado para la especie por la distribución de k-meros (Figura 1), puede ser útil para la identificación de genes y posteriores estudios filogenéticos. La ausencia de genomas completos de especies cercanas hace desafiante el ensamblaje y la anotación, que se optimizan al apoyarse en la homología con otras especies. Este primer draft del genoma del bagre rayado es pionero para el género y para toda la familia Pimelodidae. Este trabajo no solo contribuye al conocimiento sobre el genoma del bagre rayado, sino que también expone la existencia de obstáculos que trascienden lo biológico y dificultan la democratización real de la generación de información genómica.
Este estudio hace parte del programa formulado por ISAGEN S.A., dentro del PMA, para la protección del recurso íctico y pesquero en el río Sogamoso.