La acuicultura se presenta como una alternativa económica para reducir la presión sobre las poblaciones de peces. Sin embargo, su desarrollo plantea un desafío para la conservación de la biodiversidad en áreas protegidas. En este estudio, utilizamos el metacódigo de barras de ADN ambiental para identificar la presencia de especies utilizadas en la acuicultura dentro de los ecosistemas naturales de la Reserva de la Biosfera en la Ciénaga de Zapata. Recolectamos 2 litros de agua en cada una de las 14 localidades muestreadas durante este estudio. Luego, filtramos las muestras y realizamos extracciones del material genético recolectado. Utilizamos los cebadores MiFish y COI de Vertebrados para amplificar los fragmentos de ADN ambiental presentes en las muestras de agua. Con la ayuda de los programas bioinformáticos Geneious Prime y Mifish Pipeline, realizamos las asignaciones taxonómicas de los fragmentos amplificados. En total, asignamos fragmentos de ADN ambiental a 8 especies utilizadas en la acuicultura en Cuba. El género Oreochromis fue el más diverso, con 5 representantes. Además, encontramos fragmentos de ADN amplificados del género Claria en 10 de las 14 localidades muestreadas. La presencia de especies exóticas e invasoras es una preocupación creciente para la conservación, especialmente cuando tienen el potencial de impactar negativamente en especies nativas, especialmente aquellas en peligro crítico. Estos resultados son críticos para elaborar planes de manejos más acertados que integren conservación y acuicultura.