El conocimiento de los genomas es fundamental para comprender la biología y evolución de las especies. En ese sentido, en 2023 se publicó el primer borrador del genoma del bocachico (Prochilodus magdalenae), obtenido a partir del ADN de una hembra. Ese ensamblaje, generado mediante la combinación de diversas tecnologías de secuenciación, comprendió 27 cromosomas, más un número de contigs sin ensamblar y fue el primer genoma completo para la familia Prochilodontidae. Aunque representó un avance significativo en el entendimiento de la biología de la especie, el ensamblaje de genomas de otros individuos puede generar datos comparativos que mejoran la contigüidad del genoma.
Para abordar esta y otros interrogantes, el objetivo del estudio fue generar un segundo genoma con ADN proveniente de un macho de bocachico, empleando las últimas tecnologías de secuenciación y ensamblaje. Se extrajo ADN genómico de alto peso molecular y se obtuvieron reads largos mediante las tecnologías MinION de Oxford Nanopore con flow cells R9 y HiFi de PacBio. Se obtuvieron más de 67 mil millones de bases de secuencia cruda lo que representa una cobertura superior a 50X. Tras el filtro de calidad, se ensambló el genoma de novo usando el programa Hifiasm. Como resultado se generaron 1,021 contigs que, al ser alineados con el genoma de la hembra, revelaron una cobertura casi completa de los 27 cromosomas principales (Figura 1). Al comparar ambos genomas se identificó, en el cromosoma 1, una región con dos inversiones (Figura 2). En algunos Characiformes se han identificado este tipo de diferencias estructurales entre los genomas de los machos y las hembras. En este caso sería necesario el ensamblaje de los genomas de otros individuos de ambos sexos para determinar si esta inversión tiene algún tipo de relación con la determinación sexual en la especie.
En conclusión, este estudio proporciona nuevos datos sobre el genoma del bocachico (Prochilodus magdalenae) y contribuye a complementar la información genómica disponible para la especie.
Este estudio hace parte del programa formulado por ISAGEN S.A., dentro del PMA, para la protección del recurso íctico y pesquero en el río Sogamoso.