En la última década, la acuaponía ha atraído el interés de un sin número de investigadores y emprendedores. En México, particularmente en Guerrero y Oaxaca, la adopción de acuaponía es escasa y no se cuenta con un registro oficial de granjas acuapónicas. En estos estados, la mayoría de las unidades de producción de tilapia operan a una escala micro y pequeña (mUPA), y de acuerdo con los comités de Sanidad Acuícola no tienen sistemas de acuaponía activos. La implementación de acuaponía en estas mUPAs puede contribuir a incrementar su sostenibilidad, resiliencia, disponibilidad de alimentos e ingresos económicos. Este trabajo explora los intereses, motivaciones y características técnicas y de manejo que puedan representar una ventaja o desventaja para la implementación de acuaponía en mUPAs de Guerrero y Oaxaca. Se aplicó un cuestionario estructurado a los encargados de 41 y 18 de estas unidades, Oaxaca y Guerrero respectivamente. En ambos estados, los productores manifestaron tener interés en la integración de acuaponía en sus granjas, 95.1% en Oaxaca y 53% en Guerrero. El cuidado del agua y el interés en aumentar la disponibilidad de alimentos para su familia y sus ingresos fueron las principales razones para querer integrar acuaponía en sus mUPAs. En su mayoría las mUPAs son operadas a nivel familiar, no cuentan con tratamiento de efluentes, generadores de energía de emergencia, tarifas eléctricas preferenciales ni alta capacidad financiera. Sin embargo, reutilizan el agua para trans-acuaponía mediante el riego de frutales u otros cultivos y hay baja incidencia de enfermedades. A pesar de sus similitudes, las granjas donde se realizó la encuesta están distribuidas en diversas regiones del estado y sus condiciones socioeconómicas, climáticas y geomorfológicas son distintas. La fuente de agua es variable (pozo, manantial, presa, río, arroyo), la periodicidad y porcentajes de recambio son altamente variables entre granjas a pesar de que el manejo de la calidad de agua es realizado generalmente a través de recambios de agua y en función de las características visuales de la misma. Adicionalmente, la densidad promedio de cultivo es muy variable entre granjas. La acuaponía puede representar un impulso a la sostenibilidad y soberanía alimentaria de los acuicultores en las mUPAs de Guerrero y Oaxaca y hay interés en incorporarla. Sin embargo, la mayoría de los modelos actuales de acuaponía no representan una opción viable para estas mUPAs. Aunado a lo anterior, la heterogeneidad en aspectos tan importantes como la geomorfología y fuente de agua, entre otras representan un reto para la estandarización e implementación de sistemas acuapónicos únicamente a través de programas de transferencia de tecnología tradicionales.