Ecuador es líder mundial en la exportación de camarón blanco Penaeus vannamei, la producción acuícola, pero enfrenta constantes desafíos debido a enfermedades bacterianas que afectan significativamente la producción, entre estas enfermedades, se encuentran la Vibriosis, la Hepatopancreatitis Necrotizante (NHP) y la Enfermedad de Necrosis Hepatopancreática Aguda (AHPND). Dado que existe la necesidad de implementar métodos complementarios para el mejoramiento del control y sanidad en el diagnóstico de bacterias patógenas en camarones, surge el ARNr 16S como herramienta biotecnológica útil para la identificación de bacterias patógenas. El principal objetivo de este estudio es secuenciar cepas bacterianas relacionas a mortalidad en camarones en distintas zonas productivas del Ecuador, empleando el gen 16S ARNr. Las muestras fueron recolectadas de camarones enfermos en cinco áreas de producción. Se realizaron cultivos bacterianos y se aislaron las especies bacterianas del hepatopáncreas en larvas y camarones adultos. Se utilizó un kit para la extracción y purificación del ADN, el gen 16S ARNr fue amplificado mediante PCR utilizando cebadores universales 8F y 1492R y las secuencias fueron obtenidas empleando el método de Sanger. El análisis bioinformático se basó en la utilización del BLAST el software MEGA X para la identificación y construcción de árboles filogenéticos. Se identificaron 18 géneros de bacterias, siendo los más abundantes Bacillus sp., Vibrio sp. y Staphylococcus sp., y se construyeron árboles filogenéticos para inferir las relaciones evolutivas de las bacterias aisladas, las especies Vibrio parahaemolyticus, Vibrio alginolyticus, fueron identificadas como patógenos claves asociados a enfermedades críticas en camarones. La identificación molecular mediante secuenciación ha demostrado ser una herramienta efectiva para la detección y análisis de bacterias patógenas en cultivos de camarón. Esta metodología complementa las técnicas tradicionales y puede mejorar el manejo y control de brotes bacterianos en la industria acuícola.
Palabras clave: Bacterias patógenas, secuenciación, ARNr 16S, herramientas moleculares.