Desde el momento de la eclosión, las larvas de Callinetes sapidus inician su transición a la alimentación exógena, pero al parecer durante sus estadios tempranos de zoea cuentan con un sistema digestivo sencillo y poco desarrollado, donde los nutrientes suministrados afectan y modelan el desempeño de su digestión. Mediante el secuenciamiento por RNA-seq, se realizó el primer análisis comparativo, entre el primer y segundo estadio de zoea, para observar el efecto del alimento vivo enriquecido (rotífero Brachionus plicatilis), con dos proporciones diferentes de proteínas y lípidos (P/L): 80/20 y 40/60. Se analizaron los perfiles de expresión entre el momento de la eclosión (inicial), y nueve días después de haber sido alimentadas con la respectiva dieta. El tamaño del transcriptoma y el número de unigenes anotados cuando las larvas eclosionan (Inicial), es casi el doble en comparación a los transcriptomas en las Z2 después de nueve días de alimentación con las dietas experimentales. El análisis de novo reveló un total de 59.194 unigenes, de éstos 589 genes fueron expresados diferencialmente (DEGs) en la comparación 80/20 vs Inicial, y 1.576 en 40/60 vs Inicial. Las rutas metabólicas relacionadas con los procesos de digestión y metabolismo de los nutrientes fueron revisadas, se identificaron un total de 113 genes sobre-regulados en 40/60 vs Inicial y 47 en 80/20 vs Inicial. La concentración de lípidos suministrados en las dietas afectó a nivel transcriptómico la expresión de las lipasas, la biosíntesis de los ácidos grasos, y la β-oxidación en el HP y peroxisomas en las larvas. Las capacidades fisiológicas y metabólicas de las zoeas alimentadas con la dieta con mayor contenido de lípidos (40/60), no solo mejoraron los niveles de expresión de los genes relacionados con este nutriente, sino que también influenciaron el metabolismo de las proteínas y los carbohidratos, y los niveles de expresión de genes relacionados con el sistema digestivo y transporte y catabolismo celular, durante los dos primeros estadios larvales de C. sapidus, siendo este el primer reporte relacionado con este tema para la especie.