Las rayas de la familia Potamotrygonidae destacan por su alto valor comercial como peces ornamentales en el mercado internacional, generando una creciente demanda e incrementando su relevancia económica. En Colombia, a pesar de contar con regulaciones legales destinadas a proteger tanto a estos animales como a sus hábitats, la efectividad de estas normativas no siempre está garantizada. Esto se debe, en parte, a que las regulaciones de exportación tienden a centrarse exclusivamente en criterios físicos para la identificación de las especies. Esto puede resultar poco preciso, por lo que se busca un método más exacto que se apoye en aspectos genéticos como el barcoding. El objetivo del presente trabajo fue evaluar el potencial de los genes Cytb y COI como marcadores moleculares mediante la técnica de barcoding para la identificación de una especie de la familia Potamotrygonidae incautada en un aeropuerto de Colombia. En cuanto a la metodología se extrajo ADN de 6 muestras de sangre de diversas especies de rayas provenientes de la cuenca Puerto Inírida, se utilizó la técnica de PCR para amplificar regiones específicas de los genes COI (700 pb) y Cytb (720 pb), las cuales fueron secuenciadas mediante la técnica Sanger. Las secuencias se leyeron en Bioedit y se limpiaron manualmente para posteriormente analizarlas en el programa BLAST y alinearlas en MEGA, donde se construyó un árbol filogenético con el método neighbor joining por medio del modelo Kimura 2 parámetros (K2P). Los resultados obtenidos en este estudio sugieren limitaciones en la eficacia de los genes Cytb y COI como marcadores moleculares para la identificación de especies de la familia Potamotrygonidae. Al realizar el análisis filogenético el individuo incautado se mostró cercanía genética con la especie Potamotrygon motoro (Figura 1). Adicionalmente, se identificó una estrecha relación genética entre P. orbignyi y P. schroederi, tanto en las muestras del estudio como en las secuencias descargadas del GenBank. En conclusión, se puede afirmar que el método de barcoding por sí solo no es una herramienta adecuada para la identificación de especies de la familia Potamotrygonidae. El análisis filogenético sugiere que la raya incautada probablemente pertenece a la especie Potamotrygon motoro.