El desarrollo de microarreglos con miles de Nucleótidos de Polimorfismo Simple (SNPs) para Litopenaeus vannamei, ha permitido profundizar en la búsqueda de variantes genéticas asociadas a mayor resistencia al virus del Síndrome de la mancha blanca (VSMB) y así evaluar la incorporación de selección asistida por marcadores (MAS) y de la selección genómica (SG) en los programas de selección. El objetivo de este trabajo fue identificar variantes genómicas asociadas con la resistencia al VSMB, utilizando un panel SNP de alta densidad (50K) en una población de L. vannamei en un desafío controlado.
Se usaron 1,685 camarones de 176 familias de L. vannamei, con edad promedio (D.E.) de 78.4 (3.7) días post-eclosión y un peso de 1.85 g (0.45 g), distribuidos en dos tinas de un sistema cerrado e inoculados vía per os con músculo macerado de camarón con una concentración de 106 partículas virales /g en dos tomas. De las 24 horas y hasta las 144 horas se recolectaron los camarones muertos cada hora (Tiempo de muerte = TM) y se consideraron vivos aquellos que se mantuvieron hastas las 144 horas (1=vivo, 0= muerto). El genotipado se realizó con el panel AquaArray HD (50 K) vannamei® ( Neogen®). En el control de calidad se usó una tasa de llamado para SNPs de 80%, frecuencia de alelo mayor menor a 0.01 y equilibrio de Hardy-Weinberg con p-value < 1x 106. Se conservaron 33,537 SNPs para el análisis. La estimación de la varianza genética explicada por los SNPs, se realizó con el programa GCTA, se consideraron como efectos fijos el peso y la tina de siembra. Se consideró un SNP con significancia genómica cuando su valor de p < 0.05/= número total de SNP utilizados. Se utilizaron las secuencias nucleotídicas correspondientes a los SNPs significativos para la búsqueda de genes candidatos.
La media para TM y SB fueron de 110.6 (35.10) horas y 0.40 (0.01). En el cromosoma 1 se localizó un SNP significativo para TM y SB, mientras que otro SNP en el cromosoma 21 solo fue significativo para SB, en ninguno caso el aporte a la varianza genetica fue mayor al 1%. El SNP del cromosoma 1 esta relacionado con genes asociados con la respuesta inmune al VSMB. Lo anterior sugiere una arquitectura poligénica para SB y TM por lo que la SG sería la mejor forma de incorporar este tipo de información en el proceso de selección para la resistencia al VSMB en L.vannamei.