El desarrollo de la acuicultura ha provocado alteraciones ambientales en los ecosistemas acuáticos y en la actualidad, muchos países han visto afectadas sus aguas por prácticas intensivas y descontroladas durante el cultivo de organismos . Gran parte de los productores desconocen los efectos nocivos que puede ocasionar la acuicultura, por ello la educación y el compromiso ambiental debe ser un eje temático que todos los productores logren desarrollar en sus respectivas empresas.
Para conocer las condiciones del agua donde se cultivan las ostras y evidenciar en los productores los riesgos ambientales y las consecuencias que puede tener la actividad, se realiza anualmente un monitoreo de la calidad del agua que se acompaña de talleres dirigidos a los grupos que cultivan ostras. Con ellos se pretende que los productores realicen prácticas de cultivo en armonía con el medio ambiente, que logren generar conciencia del impacto que puede generar la actividad, sensibilizarlos en temas de calentamiento global, aprovechamiento de energías y buenas prácticas en el uso de combustibles fósiles.
En el año 2010 se inició un monitoreo ambiental del ecosistema de uso de los ostricultores y en el año 2012 se inició como parte del proyecto , talleres con el fin de sensibilizar a los productores de ostras en temas ambientales. Esto ha permitido generar una base de datos de información del GN y elaborar en conjunto con los productores y emprendimientos el Plan de Gestión Ambiental (PGA) de cada agrupación.
El éxito para que funcione un PGA es involucrar, en la formulación, a los mismos usuarios que serán los que pongan en práctica las acciones necesarias para mitigar los efectos que pueda ocasionar la acuicultura.