El sistema de cultivo biofloc (BFT) se caracteriza por la presencia de sólidos suspendidos (SST) en la columna de agua: flóculos bacterianos y materia orgánica. El incremento de los SST podría ser un indicador de riesgo para los órganos que están en contacto con el medio. Por tal motivo, se analizó el efecto que tiene el BFT comparado con uno que no tiene SST como el sistema de recirculación acuícola (RAS), mediante la arquitectura celular, presencia de lesiones, bacterias y parásitos en las branquias e intestino, órganos que tienen una estrecha relación con el agua de cultivo. Para esto, se cultivaron juveniles de tilapia roja Oreochromis spp. en los dos sistemas de producción, empleándose seis tanques de 500L, tres de ellos en RAS y los otros tres en BFT. Los animales permanecieron durante 60 días en cada sistema, se realizaron muestreos los días 0, 15, 30, 45 y 60. Se tomó 1 pez de cada tanque por muestreo, se anestesiaron con eugenol (0,2g/L) y posteriormente se desensibilizaron con corte medular. Luego de desinfectarse el exterior con etanol al 70%, se retiró el opérculo izquierdo y se tomó el segundo arco branquial, se incidió la pared abdominal y se extrajo el intestino; los tejidos se fijaron en formol al 4% bufferado y se procesaron con histotecnia y tinción con hematoxilina - eosina (H&E). En las placas histológicas se evaluó la presencia o ausencia de lesiones, microorganismos y parásitos, y en los que hubo presencia se calificó con la escala: Leve, Moderada o Severa. Según la prueba estadística de Kruskal Wallis, no hubo diferencia en cuanto a la presencia de lesiones en los órganos entre los tratamientos, sin embargo, en las branquias la proliferación y adherencia de parásitos externos (monogéneos) (Fig 1) y la metaplasia epitelial (Fig 2) fue severa en el sistema RAS.