Las microalgas de ambientes extremos son de particular interés como fuente de compuestos valiosos debido a la plasticidad bioquímica de sus mecanismos de adaptación a las condiciones extremas de sus hábitats. El aislamiento y caracterización de microalgas nativas del Caribe colombiano como ha sido el objeto de esta investigación, esto para su aprovechamiento en los sectores acuícola, salud y nutrición. La primera fase abarcó el aislamiento y obtención de monocultivos de diferentes microalgas planctónicas y bentónicas nativas de la Ciénaga Grande de Santa Marta. Las muestras fueron tomadas de diferentes cuerpos de agua con factores abioticos dinámicos como pH, temperatura y salinidad, con el fin de obtener amplios perfiles interesantes desde el punto de vista bioquímico. El aislamiento se realizó mediante las técnicas de diluciones seriadas y rayado en placa con medio F/2 en agua de mar (con y sin SiO3), fotoperiodo de 12:12h a 21ºC. Un total de 15 microalgas han sido aisladas con parámetros de salinidad entre los 10 y 100 ups, pH entre 5,15 y 8,24, y temperatura entre 27 y 45,5ºC. Algunos géneros identificados mediante biología molecular son: Chaetoceros, Amphora, Dunaliella, Nannochloropsis. Los estudios complementarios a este trabajo (parámetros cinéticos, perfil nutricional, perfil de ácidos grasos de alto valor (PUFAs), carbohidratos, pigmentos, actividad biológica, potencial en larvicultura y cultivo de zooplancton) permitirán establecer rutas de bioprospección en los sectores acuícolas, alimentario y medicinal para cada una de las especies nativas aisladas.